有益菌有助于落叶腐化使土地更肥沃。
微生物的特点，决定了有益微生物能够延长土壤的使用寿命，让土壤更富“活力”。
土壤就像丰富多彩的社会，里面有各种微生物活动。这些微生物有些是对作物生长有益的，称为有益菌，有的是对作物生长有害的，可以称为有害菌。这两种菌互相抢夺生存空间，有害菌多了有益菌就会少，此消彼长，反之也是一样。如果土壤出现板结酸化，就说明有害菌占上风，将有益菌压倒了，一些土传病害也会随之而来。这时候就应该施入微生物肥料，因为微生物肥料里都是有益菌呀，它们可以杀掉有害菌，并且激活有益菌的数量与活性，保护作物根部不受到病菌的侵扰。
有益菌可以分解农药残留，降低大量使用农药造成的污染。土壤中吸收不了的氮磷钾会通过微生物的分解后再吸收，提高肥料的利用率，避免大化肥的浪费。其本身无毒，能溶解污水灌溉后的重金属残留，净化环境。
