发掘过
2008年初夏的一天，山东曲阜文物局在对孔林进行修葺的时候，发现孔子第四十三代嫡孙孔仁玉墓icon墓室券顶露出一个洞，随即组织考古人员展开抢救性发掘，对墓室进行清理。不过遗憾的是，孔仁玉墓不仅早就被盗一空，而且就连尸骨也已无存。然而文物工作者仍在墓室里找到了唯一一件遗物，即记载孔仁玉生平事迹的鲁国郡孔府君墓志铭。通过对墓志铭进行解读，文物工作者这才发现，原来孔府世代相传的所谓孔子世家大宗在五代十国时期险遭灭门，独留孤儿孔仁玉并在成年后中兴孔府的故事纯属虚构，有关孔子本人及孔府的地位，完全是后人为了需要慢慢拔高的。
孔林的古墓目前没有被考古发掘过。首先孔子墓，以及所在的孔林，1961年的时候便被列入了全国重点文物保护单位的名单之中，按照文物保护法，在这里进行考古发掘，是要严格履行报批手续的，但一般来说，如果不是配合项目建设，或者抢救性发掘，考古的申请是很难获批的。所以要对孔子墓进行考古，只有两种可能，一是这里有建设，二是这里因为自然灾害，或者盗墓行为，为了保护文物必须进行抢救性发掘。
前者同样要严格履行报批手续，同样极难获得批准。
后者而言，以现在对孔林的保护力度，盗墓贼想去盗掘除非是疯了，而足以致使陵墓被严重破坏的自然灾害，更是概率小到可以忽视的事件。
