种子只有一个区别：胚具有的子叶数目不同。
双子叶植物的种子有两个子叶；单子叶植物的种子的胚具1片子叶。
其他区别：
1、茎的结构有明显差异
单子叶植物茎中无形成层，故不能产生新的木质部和韧皮部，因此，单子叶植物的茎在生长到一定阶段后便会停止生长。
而双子叶植物茎中有排列成环状的形成层，形成层中的细胞保持着旺盛的分裂能力，能够产生新的木质部和韧皮部，因此双子叶植物的茎能不断生长增粗。
2、叶脉序不同
叶片表面细微的凸起就是叶脉，根据叶脉在叶片上的分布式样，可以分成平行脉和网状脉等。网状脉的叶脉连接成网状，是双子叶植物叶脉的特征；而平行脉的叶脉相互平行，末梢相连，但不形成网状结构，这是单子叶植物叶脉的特征。
3、花部的数目也存在差异
双子叶植物的花基数为5或4（即萼片或花瓣的数目是5或4，或者是它们的倍数），花萼（花萼由萼片组成）和花冠（花冠由花瓣组成）的形态也大不相同，如苹果花、油菜花等；而单子叶植物的花基数通常为3，且花萼和花冠非常相似，不易区分，如百合花、萱草花等。
单子叶植物和双子叶植物种子在结构上的相同点是种子都由种皮和胚组成，种皮包裹着胚，起保护作用。不同的是子叶的片数，双子叶植物种子子叶有两片，单子叶植物种子子叶只有一片。双子叶植物种子没有胚乳而单子叶植物种子有胚乳。子叶和胚乳都是贮存养料的，当种子萌发时就是由它们提供营养物质的。
