在口袋妖怪究极绿宝石，玩家需要按照游戏剧情进行游戏，首先到井泉镇获取第一个徽章，然后前往玉虹市，获取第二个徽章和水之笛，之后前往常磐森林，通过重重关卡后，获得火之石头并超级进化皮卡丘。
然后前往千波湖，得到第三个徽章，之后前往长青市，在赫耳墨斯公寓能够获得第四个徽章。
接着前往熔岩洞穴，通过关卡后得到烈焰马，同时获取地之笛。
然后前往圣洁城，在地下通道中获得第五个徽章，再前往育成之洞，在爵士楼中使用火之石对变装超人进行战斗，获得第六个徽章。
最后前往冠军之路，挑战联盟四大天王，成为最强口袋训练师。
