黄花菜根和黄花母根在植物形态、来源、功效和作用等方面存在差异。
1. 植物形态：黄花菜根的植物形态为多年生草本，具短缩的根茎及肉质肥厚的纺锤状块根，叶基生，排成2列，宽线形，长50～80厘米，宽1～3.5厘米，柔软，上部下弯。花葶与叶近等长，不分枝，圆柱形，粗壮，在顶端聚生2～6花；苞片宽卵形；花近簇生，具很短的花梗；花被金黄色至橘黄色；花被管长1～1.7厘米，1/3～2/3为苞片所包，花盛开时，花被裂片长6～8厘米，内三片宽2～3厘米。蒴果椭圆形，稍三钝棱，长约2厘米。花果期6～10月。而黄花母根的植物形态为锦葵科植物白背黄花稔Sida rhombifolia L.的根。
2. 来源：黄花菜根来自百合科植物大苞萱草的根。而黄花母根为锦葵科植物白背黄花稔的根。
3. 功效和作用：黄花菜根具有清热、利尿消肿的功效，现代药理试验结果表明，萱草根具有抗血吸虫病和抗结核病的作用。临床上多用鲜根捣烂敷患处。而黄花母根具有清热利湿、生肌排脓的作用，用于湿热痢疾、泄泻、黄疸、疮痈难溃或溃后不易收口。
总之，黄花菜根和黄花母根虽然都属于中药材，但在来源、植物形态、功效和作用等方面存在差异。在使用时需要根据自己的症状和需求进行选择。
前者指的是菜花朵与枝干连接的部分即菜梗子，后者指的是菜棵子的根。
