草桥城市航站楼共有四个值机柜台,其中两个国内航班值机柜台、两个国际及港澳台航班值机柜台。旅客在航站楼值机柜台就能像在大兴机场值机柜台一样办理行李安检和托运,所以可以说到了草桥站就到了大兴机场。在值机柜台一侧有航班信息显示屏,方便旅客查询相关信息。