一是适用范围不同。
合同书一般只能用于签订合同之用；而协议书除了可以用于签订合同之用以外，还可以用于签订其他协议，比如处理纠纷的协议。
二是主体的数量不同。
合同书的主体一般就有甲方和乙方两类；而协议书的主体除可以有两方外，也可以有三方四方主体。
1）使用对象不同。合同常用于经济方面，协议书则更多用于一般工作特别是科学研究方面。
(2)约束力不同。合同一经（依法）签订，便具有法律效力；协议书除作为补充合同所签订的意见和实际上等于合同的具有法律效力以外，未形成最后正规文本，双方未签字盖章的协议（初稿）并不具有法律效力。
(3)宽严不同。合同正文中每一条内容，必须具体、明确、完善。尤其是“违约责任”，要订得非常严格、准确，以免发生争议纠纷。协议书的不少条款，则可订得原则一些，宽泛一些，允许有一定的机动性。
