印尼大部地区属热带雨林气候，具有温度高、降雨多、风力小、湿度大的特征。年平均气温摄氏25至27度。各月气温变化很小，没有寒暑季节之分。平原地区气温较高，首都雅加达年平均气温为摄氏26度。全境年平均降水量一般在2000毫米以上，雅加达年平均降水量为1,800毫米。
努沙登加拉群岛降水较少，是全国较干燥的地区。降水的季节分布也不一致。
马鲁古群岛终年多雨，其他地区大部分由于季风影响，每年可分为旱、雨两季
印度尼西亚的气候类型多样，一方面受季风影响而呈热带季风气候，另一方面由于地处赤道和海洋环绕，又呈热带雨林气候。整个印尼境内温度高，相对湿度大，雨季多且持续时间长，全年雨量充沛。气候随地形、海拔和植被的变化而有所不同，出现短暂干季，如在巴厘岛、龙目岛等地。
强烈的地震和火山活动也因为地质原因影响着印尼的气候和环境，造成了极端自然灾害。
