全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。
而宏基因组也称微生物环境基因组，是指生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学， metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象。
两者为生物不同概念测序方法，所指含义不同，意义也不一样。
全基因组测序是指一种生物如一种细菌菌株，病毒株，或动植物的基因组测序。而宏基因组测序则是指某一个特定环境如水体，土壤或动物肠道，植物根际总的微生物基因组测序，而不是特定的单一微生物。
