1、换水。换水来减少鱼缸的蛋白虫，原理就是减少鱼缸老水，从而将鱼缸里面一部分的营养物质给带出来，然后添加新水，去稀释水中的营养物质，减少有机物存在，其实就是不给线虫提供食物。这个方法最好还要配合洗棉来使用，因为滤槽中滤材用久了不洗也会堆积很多脏东西，光是清理鱼缸中的有机物还是不够的。每次换三分之一水，每周换两次，线虫的数量很快就能得到控制。
2、使用药物，是药三分毒。对付线虫，下药是最有效果的。按照每一百升水中用四分之一片肠虫清剂量，就能有效杀死线虫。
最好马上进行全缸换水，在为鱼换水时一定要注意温度和水质。并用盐水、黄粉彻底清洗鱼缸,再让鱼缸浸泡一会儿盐水。在鱼缸之中放入粗盐，降低污水形成。
其次，控制投饵的分量，改善沉积。然后要定期去清洗过滤的器材，确保过滤系统处于健全状态，另外要彻底吸除白线虫，可以用虹吸底床，还能把污物给吸除。或者也能加上几条蓝曼龙，可以把白线虫吃掉。最好不要直接使用杀除白线虫的药剂，效果反而没有那么好。
