昌南地铁线设有以下站点：起点为昌平西山口站，然后依次经过昌平站、北七家站、十三陵景区站、昌平东关站、昌平北站、南邵站、沙河站、沙河高教园站、巩华城站、朱辛庄站、生命科学园站、西二旗站、清河站、上地站、五道口站、知春路站、知春里站、海淀黄庄站、中关村站、北京大学东门站、圆明园站、西苑站、北宫门站，终点为八达岭长城站。这条地铁线路贯穿了昌平区、海淀区和丰台区，连接了许多重要的交通枢纽和景点，为居民和游客提供了便捷的出行方式。
昌南地铁线设清河站、上清桥站、学清路站、六道口站、学院桥站、西土城站、蓟门桥站。
