1、部长级会议：WTO组织结构的最高层是部长级会议，由WTO的所有成员组成，至少每两年举行一次会议。部长级会议全权履行WTO的职能，并为此采取必要的行动，并有权对多边贸易协定下的所有事项作出决定。
2、总理事会：在部长级会议闭会期间，其职能由总理事会行使，总理事会也由WTO的全体成员组成。总理事会实际上负责对这一组织的经常性管理。它监督WTO工作的各个方面，同时处理最重要的紧急事务。总理事会定期召开会议，一般每年大约召开6次会议。WTO争端解决机制的运行和贸易政策审议的安排也是由总理事会完成的。
3、三大附属机构：WTO还拥有三个单独的附属机构，即货物贸易理事会、服务贸易理事会和与贸易有关的知识产权理事会，这些机构向总理事会报告。它们负责监督与所有成员根据货物贸易、服务贸易和知识产权协定所承担的义务有关的工作。
3.1、货物贸易理事会下设专门委员会：市场准入委员会、农业委员会、动植物卫生检疫委员会、技术性贸易壁垒委员会、补贴与反补贴措施委员会、反倾销措施委员会、海关估价委员会、原产地规则委员会、进口许可程序委员会、与贸易有关的投资措施委员会、保障措施委员会以及纺织品监督机构等。
3.2、服务贸易理事会负责《服务贸易总协定》的运作，下设金融服务贸易委员会和具体承诺委员会。
3.3、知识产权理事会负责《与贸易有关的知识产权协定》的运作，目前没有建立附属机构。
4、WTO还根据签署方有限的诸边贸易协定建立了几个诸边机构，包括民用航空器贸易委员会和政府采购委员会。
5、除了上述常设机构外，WTO还建立了一些临时性的机构，通常被称作工作组。工作组的任务是研究和报告有关事项，并最终提交理事会做出决定。
这些工作组包括货物贸易理事会下的国营贸易企业工作组和装船前检验工作组；服务贸易理事会下的专业服务工作组和服务贸易总协定规则工作组；向总理事会报告的委员会下的加入WTO工作组、贸易与投资关系工作组、贸易与竞争相互关系工作组及政府采购透明度工作组。
世界贸易组织主要职能有以下五个：
1、管理职能：
世界贸易组织负责对各成员国的贸易政策和法规进行监督和管理，定期评审，以保证其合法性。
2、协调职能：
世界贸易组织协调其与国际货币基金组织和世界银行等国际组织和机构的关系，以保障全球经济决策的一致性和凝聚力。
3、组织职能：
为实现各项协定和协议的既定目标，世界贸易组织有权组织实施其管辖的各项贸易协定和协议，并积极采取各种有效措施。
4、提供职能：
世界贸易组织为其成员国提供处理各项协定和协议有关事务的谈判场所，并向发展中国家提供必要的技术援助以帮助其发展。
5、调节职能：
当成员国之间发生争执和冲突时，世界贸易组织负责解决。
