在第三季度冲红后，申报流程如下：
1. 首先，企业需要对第三季度开具的红字专用发票进行整理，确保红字发票的信息准确无误。
2. 根据国家税务总局的相关规定，企业应在开具红字专用发票后，向主管税务机关报送《开具红字增值税专用发票备案表》。具体报送要求和时间可能因地区和税务机关的要求而有所不同，建议您向当地税务机关咨询详细信息。
3. 在申报第三季度增值税时，企业应将红字专用发票的相关信息填入增值税申报表。具体操作如下：
a. 在增值税申报表的“开具红字增值税专用发票”栏目中，填写红字发票的数量、金额和税额。
b. 在增值税申报表的“进项税额转出”栏目中，填写红字发票对应的进项税额转出金额。
c. 同时，在增值税申报表的“销项税额”栏目中，减去红字发票的税额。
4. 企业在申报第三季度增值税时，还需将红字发票对应的进项税额转出，具体操作如下：
a. 在增值税申报表的“进项税额转出”栏目中，填写红字发票对应的进项税额转出金额。
b. 在增值税申报表的“进项税额”栏目中，减去红字发票对应的进项税额。
5. 申报完成后，企业应妥善保管相关申报表和发票资料，以备日后税务机关的核查。
需要注意的是，具体的申报操作和规定可能因地区和税务机关的要求而有所不同，建议您在申报前向当地税务机关咨询详细信息。同时，在申报过程中，确保准确填写相关数据，遵循税务规定，避免产生税收风险。
