从来源上可以分为动物蛋白质、植物蛋白质；从营养学上可以分为完全蛋白质、半完全蛋白质、不完全蛋白质。
1.来源分类
（1）动物性蛋白质：主要包括一些动物的肉类（比如牛肉、猪肉、鱼肉、鸡肉等）以及蛋类（鸡蛋、鸭蛋、鹌鹑蛋等）、奶产品（牛奶、羊奶等）等，含有较多的氨基酸，有丰富的营养成分，易吸收。
（2）植物性蛋白质：主要来源于豆制品（豆腐、豆皮、豆浆等）或者是谷类（大米、小麦、小米等）等食品品，含有不同含量的植物蛋白质。
2.营养学分类
（1）完全蛋白质中所含氨基酸相比较来说品种比较多，数量也充足，比如：如奶制品、蛋类、动物肝脏等食物中的蛋白质。
（2）不完全蛋白质含有氨基酸种类和数量都比较少，例如动物明胶、玉米胶蛋白。
（3）半完全蛋白质氨基酸种类也比较多，但相比较来说含量不足，比如麦胶蛋白中的成份。
蛋白质可按其分子的形状、分子组成和溶解度来分类。
根据分子的形状可将蛋白质分为两大类：球状蛋白质和纤维状蛋白质。根据分子的组成可将蛋白质分为两大类：简单蛋白质和结合蛋白质。
