林场站、星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、上元门站、五塘广场站、小市站、南京站、南京林业大学·新庄站、鸡鸣寺站、华海3C广场·浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站。
宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站、诚信大道站、东大九龙湖校区站、秣周东路站。地铁3号线途经浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入主城一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站。
武汉商务区站：公共大厅设计以星空为背景注重穹顶与壁饰的浑然一体，顶面采用超大面积的星空彩绘图。设计有艺术座椅
