马祖海域包括东海和台湾海峡的一部分，位于福建省和台湾省之间，是中国东海防线上的重要地带。根据相关的划分标准，马祖海域可以分为马祖海峡区、南船北鼓海域、沿海海域以及中间海域四个部分。其中，马祖海峡区包括了连江县的小岛、马祖、钓鱼岛等一系列岛屿，是马祖海域的主要地区。
南船北鼓海域指同溪渔港至厦门船舶北向通航区域，沿海海域则主要涉及沿海各市县的海域，中间海域则是两岸之间的公海区域。
马祖海域的划分没有官方答案。
根据我国著名海洋法学者傅崐成教授的观点，台湾海峡的水域可依其法律地位区分为下列五个部分：金门、马祖及其附近岛屿周边的水域；台湾岛及澎湖群岛周边的水域；澎湖群岛直线基线内以及嘉义外伞顶洲至台南七股一带直线基线内的水域；在"澎湖群岛内水"与嘉义外伞顶洲至台南七股的"嘉南内水"之间的水域；在大陆沿岸的"领海"与台湾、澎湖的"领海"之间的开阔水域。
