如果淘宝申请退款，但是卖家店铺已经关了，那么你需要按照以下步骤：
1. 在淘宝网站上申请退款，并在退款原因中注明卖家店铺已关闭的情况。
2. 如果卖家确实是因为违规行为或欺诈行为被淘宝关闭店铺，那么你可以直接联系淘宝客服，说明情况并提供相关证据，淘宝客服将会帮助你处理退款事宜。
3. 如果卖家关闭店铺是因为其他原因，你可以向淘宝客服提出投诉，并提供相关证据，要求淘宝介入协调退款事宜。
总之，无论是卖家在淘宝关闭店铺还是其他情况，你都可以通过淘宝客服平台进行投诉和申诉，如果有必要，淘宝客服也会协助你解决问题。
只要符合退款的条件，即使店铺关门也不要紧，可以由淘宝平台办理。
因为淘宝购物付款后，款项暂时由淘宝平台管理，当买家确认收货后，淘宝平台就会把款项支付给卖家。
