1.
建树前的准备 从NCBI数据库上批量下载序列用于MEGA画进化树 将所有目标基因序列或氨基酸序列保存在txt文本文件中(序列格式为FASTA) Multiple Sequence Alignment是构建分子演化树的关键步骤 用于构建演化树的序列必须是同源序列 MEGA7主界面
2.
开始建树 ⑴ 序列文件的导入 (可以通过Data导入数据也可以通过File导入数据) Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment →Data→open →Retrieve sequences from File Sequence ⑵ 多序列比对 在比对之前需先选中要进行比对的序列(Shift) 选择muscle或者clustalw进行比对: clustalw 一般用于DNA ,muscle多
1.NJ树的构建步骤包括以下三个主要阶段。
2.NJ树是分子进化分析领域中常用的一种构建进化树的方法。
具体来说，NJ树构建主要分为下面三个阶段：a.距离矩阵的计算，即根据序列间距离计算序列的相似程度，得到距离矩阵。
b.构建初始树，即基于初步的距离信息构建一棵初始树，一般采用UPGMA法。
c.按非严格相对关系修正初始树，即将初始树中的节点两两比较，选择相对关系最好的节点对合并。
重复此过程，直至合并至根节点，得到最终的NJ树。
3.NJ树是通过分析序列间距离和相对关系来确定进化关系的，因此可以用于研究不同物种之间的进化关系，甚至可以分析同一物种内部的不同种群之间的进化关系。
NJ树的构建步骤相对简单，特别是在计算速度方面优于其他进化树构建方法，因此得到了广泛的应用。
