昆明南火车站同时属于地铁1号线、4号线。
昆明地铁1号线一共17地铁站，分别为环城南路、昆明火车站、福德、日新路、巫家坝、昌宏西路、晓东村、珥季路、星耀路、新亚洲体育城、南部汽车站、斗南、春融街、市级行政中心清风、宜和路、白龙潭、昆明南火车站。
昆明地铁4号线一共29地铁站，分别为金川路、大河埂、海屯路、小屯、金鼎山北路、苏家塘、小菜园、火车北站、白龙路、大树营、菊花村、菊华、和甸营、牛街庄、朱家村、羊甫头、玉缘路、广卫、塔密、斗南、金桂街、梅子村、古城、可乐村、祥丰街、牛头山、联大街、吴家营、昆明南火车站。
