第一，可以买一些清道夫，放在水中可以起到净化水质的作用。
第二，可以利用虹吸原理进行清理鱼缸底部的粪便，找一根粗细合适、两头均可以出水的软管，装满水以后按压住出水口，将一端伸入水底，将两端出水口松开。
第三，生物方法，在鱼缸底部铺上底砂，主要是大理石、黑晶沙、河沙或仙土等，然后种植一定量的水生植物。
换水清理
日常在给鱼缸换水的同时，也可清理掉缸底的粪便。由于在换水时，需先抽出水分，抽水可直接从鱼缸底部开始，只要没有铺设底砂，就可将缸底的鱼屎都抽干净，能起到较好的清洁效果，之后可沿着鱼缸壁缓慢的倒入清水。
