南海海区以3月至5月份及8~11月最为多见,东海海区则主要发生在5月至7月份较多的营养物质(富营养化),包括海洋污染、河流的污染、农田退水等; 较高的水温条件,有利于藻类的繁殖(一般在夏季,纬度高的海域发生赤潮的季节短); 较小的风浪,不利于海水交换。
夏季是赤潮的多发季节。
赤潮是由于海水中浮游藻类、原生动物或细菌异常增殖或聚集而引起海水变色的现象。赤潮作为一种灾害，历史上早已出现过，但直到现在才变得比较严重。
赤潮是一个历史沿用名，实际上，赤潮并不一定都是红色的，它可因引发赤潮的生物种类和数量不同而呈现出不同颜色。如夜光藻、中缢虫等形成的赤潮是红色的，裸甲藻赤潮则多呈深褐色、红褐色，角毛藻赤潮一般为棕黄色，绿藻赤潮是绿色的，一些硅藻赤潮一般为棕黄色。
