这种蝇的饲养过程分为四个阶段:卵、蛆(幼虫)、蛹、苍蝇(成虫)。
首先，将首批无菌蝇可从示范基地引进也可用野生蝇自行培育，方法是将蛆育成蛹或挖来的蛹经灭菌后，挑选个大饱满者(不要大头蝇)放进种笼内羽化即成无菌蝇种。
实行全进全出养殖法，即将20日龄之种蝇全部处死，然后加工成蝇粉备用，蝇笼经消毒等处理后再用于培育下一批新种蝇。
工程蝇适应能力强，比较容易养殖。工程蝇从蝇蛹孵化到产卵仅需3天，红头苍蝇需要5-7天；工程蝇无论在小型笼养、大笼养、房养条件下都可以成功养殖，而国内尚没有人可以在小笼内成功饲养红头苍蝇。
工程蝇的寿命是28天，这期间大约要下20多万枚卵。除了留下5%左右做种蝇，其他的卵在孵化1天后，就可以直接撒到猪粪上。
