菌丝是真菌的基本组成单位，一般为圆筒状，直径2～4μm，长3～10μm。菌丝生长点位于菌丝的顶端，呈钝圆锥形，每个分支的顶端都具有生长点。菌丝洁白、浓密、粗壮、整齐、有光泽、匍匐状、气生菌丝发达，多的可布满试管空间，不产生色素，爬壁能力强。
菌丝是由分枝状菌丝体组成，由于菌丝较粗而长，形成的菌落比较疏松，常呈现绒毛状、棉花样絮状或蜘蛛网状。
有些霉菌，如根霉、毛霉、链孢霉的菌丝生长很快，在固体培养基表面蔓延，以致菌落没有固定大小。
如果在固体发酵食品的过程中污染了这一类霉菌，若不及时采取措施，往往造成严重的经济损失。
菌落的大小，也有不少种类的霉菌，其生长有一定的局限性，如青霉和曲霉。
