在清朝对西南地区进行改革之前，当时的西南地区大都采取土司制度。当时的清政府对土司难以管理，当地的土司可以说是当地的土皇帝。后来清朝采取了改土归流的方法。
作为边疆多民族区域，西南边区与内地封建地主政治存在极大的差别，统治者对西南少数民族通过人命当地少数民族中的上层分子来充当地方行政长官，并不直接接受内地封建政府的管辖这也就是所谓的土司制度，当地经济上原有的生产方式也得以保留，土司制度在很大程度上意味着自主管辖。但随着封建君主专制的加强，土司制度本身的弊端开始逐渐显现，清政府开始坚定地改土归流，改土归流推动了边疆的长足发展，为多民族国家的建设创造条件。
其实在在清朝初，原有的土司管理仍然在实行，但是当时的清政府已采取措施进一步加强了对土官的管制，对土司作出严格规定，限制他们的权利，派遣中央官员下达边疆，使得土司权利受到流官的节制，并通过种种措施来限制和削弱土司的统治，为改土归流做准备。土司制度在这个时间本身也暴露出许多弊端，中央王朝难以控土司，土司对其所属民拥有生杀大权，任意剥削压榨。为了夺权，土司之间互相厮杀导致西南边境社会动荡不安，经济遭受到严重的破坏。
清政府在雍正四年的时候在贵州发兵设立长寨厅，开启了改土归流的开端。雍正六年，任命厄尔泰为边疆，云贵广三省总督，推行大规模的改土归流政策。
根据不同的情况，清政府在改土归流的过程中采取不同的措施，比如以武力来征服，进行军事进攻，强行推行政策；根据不同的情况采取不同的手段，对部分地区仍有限的保留一部分土司制度，仍准许封建民族政治经济占据统治地位；还有的是先以军事实力为后盾，实行剿抚并用，软硬兼施，力求通过和平手段采取改土归流。
通过改土归流，之后又在当地推行汉化。迪南少数民族迅速的融入到了当时的汉族文化中。这一政策也对民族之间的交流和融合起到了重要的作用。
清朝前期,统治者仍以传统的"守中治边"、"守在四夷"观念为治边思想。在西南,清廷的认识较前代进一步深化,并采取积极的治理与开发措施,加大了人力物力的投入,使西南边疆民族地区在清前半期得到了较快发展。
