小兰、柯南等十人搭上了前往小笠原的轮船，免费参加海豚之旅，众人上了船后才知道20年前爆发强盗杀人案的主谋达才三也在船上。后来船上起火，箱子里有具焦尸，谜团尚未解开之际，服部平次又被凶手打落海里，鲸井也跟着受了枪伤，而蟹江则举枪自尽。在柯南重新验过尸体，并检查过海老名的房间后，终于将一切理出了头绪，凶手其实就是设计一切诬陷蟹江是凶手的
就是讲的二十年前的三个十亿元抢劫犯，在法律追诉期过的那一天在所预订的船上分赃（就是柯南他们所搭乘的船），但有个人想独吞，而且由于对自己以死去的老大“黑影计划师”的不满而设计了一个绝美的方案杀了另外二人。
