1、干刷，金刚菩提子买回来的时候，有的没有经过深度清洗，可能不太干净，这时候就要深度清理。也有些人买金刚菩提子的时候，为保持纯正，就买一些未去皮的或者将去皮的金刚菩提子，这种菩提子，完全没有经过清理，非常的脏，所以更要进行深度清理。用细针将金刚菩提缝中的杂质一一剔除。然后，用钢丝刷子整体刷几遍，一直到刷到整体干净为止。直到这个时候，金刚菩提才算基本干净。而剩余的金刚菩提缝中的残渣，以后也会自然脱落的。
2、水洗，水洗可以清洗已经有包浆的珠子，而不能清洗新的金刚菩提，新珠子浸泡到水里容易引起裂纹。将脱去青皮的金刚菩提子，放到水中浸泡，最好是温水，浸泡2到3个小时，直到杂质开始变得松动之后，就开始用文玩清理水枪，进行喷水清理。水洗是最快的清洗方法，也是最干净的清洁方法，只是是不能清洗新的金刚菩提。
3、水刷，水刷和干刷的区别差不多，只是一切工序在水里进行。要说区别就是水刷清洗得稍微快一点，效率高一点。在水中，脏东西会软化的快很多，用铁丝刷子刷一遍，基本上就都清洗干净了，比较省时间。
步骤一：浸泡
金刚菩提在没流通前，表面覆盖着一层果肉，类似于文玩核桃一样，而由于金刚纹路较多，沟壑较深，去掉果肉后，难免会有残留的果肉，而经过采摘、运输、销售等渠道，到我们手中后，这果肉已经风化，非常的坚硬，很难清理，所以，这里我们就要用到浸泡这道工序，首先，将金刚放入30度左右的温水中，浸泡两到三个小时，这个金刚表面的果肉会得到充分的软化。
步骤二：初步清洁——粗刷
在金刚浸泡过一定时间之后，表面残留的果肉会软化下来，这时候我们就可以把金刚取出，然后用钢丝刷进行初步的清理，用钢丝刷顺着金刚的纹理用力的刷动，并不时的换成敲木鱼一样的动作，敲，敲，敲，是为了让表面的残留果内充分的松动，刷完后，把金刚再放回水中，然后，泡10分钟左右，然后搅动水里的金刚，这样，就可以让水把松动的果肉清洗出来。初理清理就结束了。
步骤三：密封静置
将初步清理过的金刚用纸巾吸去表面残留的水分，装入密封袋之后，放在避光的地方，放置24小时，这样做的目的是，金刚浸泡过之后，内里会含有水分，用密封袋隔绝周围的空气后，金刚内里稀出的水分会继续软化那些顽固，不好清理的果肉，为下一步做准备。
步骤四：二次清洁——细刷
将放置24小时的金刚从密封袋中取出，这个时候，金刚呈半阴干状态，我们用猪鬃刷一颗一颗顺着纹理仔细的刷，如果有明显残留无法刷干净的，继续重复浸泡和细刷的过程，这里注意的是，这个时候浸泡过后，取出一定要把表面的多余水分吸走，否则会存在吸水量不同，后期会出现色差的现象。
步骤五：阴干
经过细刷后的金刚，表面上看起来干净多了，比刚入手的时候那差距也是挺大的，但这个时候还不能直接盘玩，我们要将细刷过后的金刚继续装后密封袋，注意，这时候不能放入之前用过的密封袋，毕竟里面会有残留的水气，将密封袋的口半开，放置在避光的地方，阴干，注意，不要图快，而用吹风机，或放在风口处让其快速失去水分，这样会容易开裂，也不能太阳下暴晒，更不能放在空调或者暖气旁边，
