1、位置不同果皮是果实外面的结构，指果实外壳或外皮，日常生活中说的果皮通常指的是外果皮，如苹果最外面的为果皮。
种皮是有种子的果实里面种子的外面结构，覆于种子周围的皮，如苹果核内种子的外面为种皮。
2、来源不同果皮由子房壁的组织分化、发育而成。种皮是由胚珠的珠被经不同程度的变化而形成。
3、结构不同种皮：裸子植物和被子植物合瓣花类是由一层构成的，离瓣花类和单子叶植物是由二层构成的。由二层构成的种皮，特分为内种皮和外种皮。
果皮：成熟的果皮通常可分为外果皮、中果皮、内果皮3层。但由于果实类型的不同，3层果皮变化很大。
