通过外形体型，分布区，价格等来区分。
1、外形区分
三斑海马的体侧背方第1、4、7节各具一大黑斑，因此得名，普通海马是没有的。三斑海马身体侧扁，腹部凸出，躯干部是七棱形的，尾部是四棱形的，尾端慢慢变细，卷曲，头部看起来像马头，与躯干部垂直，头冠看起来比较短小，顶端有5个短小棘突，身体没有鳞，由骨质环包裹起来，并且没有侧线。
普通海马头部看起来是侧扁的，头每侧有两个鼻孔，头部弯曲与身体接近直角，身体比较粗且侧扁，完全包在骨环中，全身完全由膜骨片包裹，有一个无刺的背鳍，没有腹鳍和尾鳍。
2、体型区分
三斑海马的体型比较大，而普通海马的体型比较小。
3、分布区域不同
三斑海马分布在东印度洋和西太平洋的大部分地区，而普通海马分布在大西洋、欧洲、太平洋、澳大利亚。
4、价格区分
因为三斑海马作为药材的药效更好，所以一般比普通海马的价格更贵。
