在与好友组成忍者小队后，全天副本活动玩法——秘境探险也随之开启。这是忍者小队中特有的2人组队副本玩法，以挑战神秘BOSS为主，但秘境难度较大，需要忍者学员相互协作才能顺利通关。秘境副本分为烈炎秘境和毒风秘境2种，战场内除了有神秘BOSS外，还会有各种机关，副本考验玩家对于忍者的技能了解程度和操作能力，更考验忍者在特殊场景中的走位和躲避技能技巧，后续还有更多副本陆续更新，大家敬请期待。
（火影忍者手游秘境探险2人组队参与副本）
影级实力挑战修罗副本 秘境强者越战越勇
每个秘境都充满了抗魔压制，如果抗魔值不足，则副本内的敌人就会异常强大。在烈炎秘境和毒风秘境中，每个秘境还包含了3个难度，从普通、困难到修罗。每一个难度的副本，除了需要忍者学员们有足够的实力，更需要忍者学员有较高的抗魔值。在副本内BOSS血量掉落到某一个程度，会触发地上机关，同时忍者学员也可拾取秘卷技能。秘境探险内6个副本难度依次增加，要想挑战终极毒风秘境的修罗，需要忍者学员拥有足够强大的实力才能通关。
（火影忍者手游秘境探险不同难度的副本）
（火影忍者手游秘境探险副本战斗）
组队副本奖励丰厚 传说饰品增加战斗实力
通关秘境可以获得秘境奖励，不同难度的秘境会掉落不同的饰品，每天忍者学员可挑战3次秘境探险，同时花费50金币可获得奖励翻倍。此外，副本难度越大，掉落的饰品品质也会更高，通关烈炎秘境困难、修罗将有几率获得传说守护饰品，通关毒风秘境困难、修罗将有几率获得传说自由饰品，此外通关还可以获得铜币和声望等丰厚奖励。
同时秘境探险玩法上线之际，游戏也全新推出饰品系统，饰品系统将会增加忍者学员的抗魔值。而秘境探险是目前唯一可以获取饰品的途径。
