目前大部分鄱阳湖沉船残骸都存放在中国国家文物局所属的江西省文物考古研究所。由于考古工作需要逐步开展,还有少量残骸存储在当地的一些文物收藏机构和文博单位。随着科技技术的飞速发展,这些沉船残骸或许也能在未来更好地保护和展示。