三湖慈鲷有基质型类繁殖和口孵类两种繁殖方法。其中基质型类繁殖是亲鱼把卵产贝壳活产卵桶内,然后雌雄双方会留在原地保护受精卵直到完全孵化,幼鱼可以自由行动为止。
口孵类是雄鱼在完成受精后会离开,雌鱼会把受精卵一直含在口中躲避天敌,直到小鱼可以独立捕食。