自然资源局。按照法规规定,土地利用功能区域划分由国土资源行政主管部门负责,政府审核批准实施。据此,划分土地利用区由国土部门负责。机构改革后,国土部门改名为自然资源,所以,自然资源部划分土地利用区,也可叫自然资源和规划部门。