EVA要表达的核心主题其实是刺猬困境（即人与人之间相处时，会像刺猬一样被彼此的刺所刺伤，因此彼此又要保持一段距离。虽然双方都想保持一个亲近的关系，但又无法做到不刺伤彼此。）。
真嗣本人是一个内向的且自我厌恶的抑郁症患者，他极度害怕自己被别人拒绝，其原因就是他的母亲唯的去世以后遭到父亲碇源堂的抛弃。《EVA》中有一直有个意识流场景，在画面中一次又一次地出现火车站，年幼的真嗣在父亲离开时困惑地哭泣。
多年后，碇源堂突然将真嗣唤来了身边，而原因却仅仅是需要他来驾驶EVA初号机。
“父子”俩能最亲密的接触也仅是碇源堂简短听取对真嗣工作报告和，一起祭扫母亲唯的坟墓。
