都指挥使是都指挥使司的最高长官，而指挥使司上地方最高权力机构，是明朝三大最高权力机构之一，二者混淆就麻烦了. 至于总兵，本为差遣的名称，无品级，遇有战事，总兵佩将印出战，事毕缴还，后渐成常驻武官。 据此，可推断二者的关系应该是后者隶属于前者.
都指挥使和总兵之间并没有直接的从属关系。
1、都指挥使是明朝“都指挥使司”的一把手，“都指挥使司”在明初期是省级长官，他的职责是管理省内卫所兵的后勤保障，日常训练等等事宜。“都指挥使司”隶属于“五军都督府”，听命于兵部。
2、总兵则是在战时由中央下派到战区指挥作战的总指挥。下派的总兵挂将军印兼领总兵官，战争状态结束后回中央，一般由勋贵或地方都督充任。他是一个职责称谓，并没有品级。 战争状态下，他的排兵布阵则是通过地方的“都指挥使司”来实现。可以说，在明初期，战时状态下，都指挥使听命于总兵，但在条线上并没有直接的从属，因为总兵没有对都指挥使的人事权及奖惩权。
