北京比东京面积大。北京总面积约1.641万平方千米,而东京总面积约2155平方千米,城区面积621平方千米。虽然北京和东京都是中国的大城市,但是人口密度方面,东京要大。因此,可以得出结论,北京比东京城区面积大。