纳豆发酵20小时左右。大豆经过清洗、浸泡、蒸煮、接种纳豆菌，在一定的湿度、40℃下使之发酵20小时左右，生产出鲜纳豆。鲜纳豆产品应冷藏或冷冻保存。其中，大豆要经过洗涤除去表面的尘土和粘附的菌。此外，应使用商业化的菌种，不可自制，以免污染混入致病菌。市场上的纳豆多数在冷冻条件下销售。选购时应关注产品包装上的保质期及保存方法等相关信息。
冷藏鲜纳豆，在0—4℃的环境下，保质期通常为7天；置于-18℃的环境中冷冻，保质期可长达1年。
纳豆大约发酵45分钟。
如没有高压锅，煮水时一次不要放得太多。为了保持大豆的原汁原味，最好是蒸。
