(1)防治对象不同：氟吡菌胺主要用于防治卵菌纲类病害，如霜霉病、疫病、猝倒病、晚疫病等病害；菌酰胺主要用于防治半知菌亚门真菌性病害：如叶霉病、灰霉病、白粉病、菌核病、早疫病、蔓枯病、靶斑病等病害，同时对根结线虫病也有很好的防效。
(2）作用机理不同：氟吡菌胺主要作用于害虫体内的类血影蛋白，影响细胞有丝分裂，病菌无法进行分裂，达到杀菌目的；菌酰胺是一种琥酸脱氢酶抑制剂，主要通过抑制病菌体内的能量物质“线粒体”中的呼吸链的复合体，病菌失去能量，最终死亡，达到杀灭病菌的目的。
(3）渗透性不同：氟此菌胺具有很好的渗透性，药剂能从叶片上表面向下渗透，从叶基向叶尖方向传导，对幼芽处理后能够保护叶片不受病原菌侵；菌酰胺浚透性不好。
