南亚地形为南北高，中间低。北部是狭长高耸的喜马拉雅山脉；中部为广阔平坦的恒河平原和印度河平原；南部和西部是高低起伏的德干高原。由于冬季副热带高气压的控制，降水少；夏季西南季风无法到达；印度河流域的过度开发导致了南亚西北形成了世界上面积最小的塔尔沙漠。
北部为高大山脉，中部为平原，南部为低矮、破碎、古老的高原。另外，南亚以印度洋板块为主体，从海平面升起成为南亚次大陆及兴都库什地区。
南亚大部分地区属热带季风气候，一年分热季（3-5月）、雨季（6-10月）和凉季（11月至次年2月），全年高温，各地降水量相差很大。西南季风迎风坡降水极其丰富，是世界降水最多的地区之一（如印度的乞拉朋齐）。西北部则降水较少。
