有以下五点区别。
一是校址不同。北京师范大学位于北京市海淀区新街口外大街19号，首都师范大学位于北京市海淀区西三环北路105号；
二是隶属关系不同。北京师范大学直属教育部，首都师范大学属于北京市属高校；
三是北京师范大学是985、211重点大学，首都师范大学仅是北京市重点高校；
四是综合实力不同。北京师范大学可谓全国师范类高校之首，首都师范大学虽然也有一定综合实力，但与北师大有一点差距；
五是生源质量方面。北京师范大学的高考成绩要求要高于首都师范大学许多。
两所大学的区别主要体现在：首先，北京师范大学是教育部直属高校，除了地方性的一些事务，基本不受北京市管理。而首都师范大学实际属于北京市市属高校，主要就是北京市管理的，管理的主体是完全不一样的。
其次，从学校的行政级别来看，两者的差距是比较大的。北京师范大学的行政级别为副部级，他们的党委书记、校长都是副部级，是中管干部。而首都师范大学属于地方高校，他们的行政级别属于正厅级，当然，他们的校长和党委书记也就是正厅级，整整比北京师范大学低了一个层级。
再次，从两者的综合实力来看，不管是从科研实力、学科建设、综合影响力等方面来看，首都师范大学都要比北京师范大学低很多。
