如果鱼池中已放养鱼苗或成鱼，杀灭青苔可用扑草净(其实市面上很多名为消灭青苔的药物就是扑草净为主而成的)，每亩水深1米用扑草净1．5—2公斤：按l：100的比例用细泥拌匀；然后向池中均匀泼施，既对杀灭青苔效果显著，池鱼又很安全。
也可在晴天上午，每亩水深1米，用硫酸铜0.5-0.6公斤，溶化后全池泼洒。但是此法对硫酸铜计量要求较高，数量少了起不到清除青苔的作用，数量多了会引起鱼类中毒死亡。
还可在晴天中午，每亩水深1米，用石膏粉4—5公斤，加水化成浆。全池泼洒，青苔多的地方适当多泼洒，两天之后，即可把青苔杀灭。此法与用硫酸铜杀灭相比，经济、有效，池鱼也安全。
使用螯合铜或二氧化氯杀灭青苔，这种方法一般适用于青苔多的塘口。值得注意的是青苔大量死亡腐烂，对底质造成污染之后，应采用换水、调水、改底的方法对水质和底质进行改良。
使用2，2-二溴-3-氮川丙酰胺杀灭青苔，这种药物是目前较流行的绿色杀菌灭藻剂，该物质杀藻力强，抗菌谱广，容易降解，具有在环境中快速水解，在低剂量下发挥高效作用的双重优点，使用后基本无残留，对养殖环境无污染，是理想的环保型杀藻产品。此药物的优点是杀菌性能好，能有效防止青苔死亡后病菌的大量滋生，减少了药物的投放。
可用松叶浆汁杀灭，就是将松树叶浸泡后，磨碎加水搅拌成浆汁，每亩水面每天泼洒其浆汁2公斤，连泼2—3天后奏效。
另外，现行的杀苔药比如"苔藻净"也可使用。混养鲴鱼、武昌鱼、清道夫、罗非鱼以及刮食性鱼类也很有效果。
