消毒剂的作用原理可以分以下三种：
1、改变病原微生物细胞膜的通透性
细胞膜的具有控制物质进出细胞的功能，它也将细胞内环境与外界环境隔开，保障细胞内部环境处于相对稳定的状态。
表面活性剂、酚类及醇类可导致胞浆膜结构紊乱并干扰其正常功能。使小分子代谢物质溢出胞外，影响细胞传递活性和能量代谢，甚至引起细胞破裂，最终出现失活死亡。
2、干扰、破坏病原微生物的酶系统
酶是具有高度特异性和高效催化作用的蛋白质或RNA。它的效能决定于酶分子的一级结构及空间结构的完整性。如果酶分子发生变性或亚基解聚均可使酶活性丧失，使生命体失去生长繁殖的能力。
许多消毒剂能破坏微生物的酶系统，从而影响微生物的代谢，发生抑菌和杀菌作用。如某些氧化剂和重金属盐类能与细菌的巯基结合并使之失去活性。
3、使病原微生物的蛋白质凝固、变性
蛋白质是有机大分子物质，是生命体的物质基础，是生命活动的功能物质。它的空间构象、分子完整性与生命及与各种形式的生命活动息息相关。
酸、碱和醇类等有机溶剂可改变蛋白构型而扰乱多肽链的折叠方式，造成蛋白发生不可逆的变性、凝固，导致结构蛋白和功能蛋白都遭受严重破坏。如乙醇、大多数重金属盐、氧化剂、醛类、染料和酸碱等。
