起源不同：水果玉米起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲。中国是普通糯玉米的世界起源中心，栽培历史悠久。
分类不同：水果玉米从含糖量上分为普通型水果玉米、超甜型水果玉米、加强甜水果玉米。颜色有黄色、白色、双色、和纯白色四种。普通玉米照颜色可以分为白色糯玉米、黄色糯玉米、黑色糯玉米、彩色糯玉米。
特点不同：水果玉米植株较矮，分蘖力较强；果穗苞叶上有旗叶。子粒淡黄或白色，胚较大，乳熟期子实柔嫩、富含水溶性多糖、维生素A、维生素C等。普通玉米栽培技术简单、周期短，具有较高的经济价值、营养价值和加工价值。
