如果养碗莲的盆中出现了虫子，可以往盆中放几条能吃虫子但不吃碗莲的小型鱼，比如孔雀鱼。它们会帮助吃掉碗莲盆中的虫子，并且不会对碗莲造成影响。
除此以外，也可以往盆中喷洒一些不伤莲但是具有除虫作用的除虫剂。这样同样能帮助杀死碗莲盆中的虫子。
碗莲可能会滋生一些病虫害，如果感染了叶腐病，需及时清除掉病株烧毁，发病初期喷施多菌灵、甲基硫菌灵。如果感染了炭疽病，应该及时的用药，控制住病情蔓延。
如果感染了腐烂病，可选择抗病的品种栽培，之后喷施百菌清药剂。虫害方面有小萤叶甲虫、缢管蚜、蚜虫等，也要及时的用药。
