一、所在位置不同
贝尔湖：位于呼伦贝尔草原的西南部边缘，是中蒙两国共有湖泊，中国部分位于呼伦贝尔市新巴尔虎右旗贝尔苏木境内。
贝加尔湖：位于俄罗斯东西伯利亚南部，在布里亚特共和国和伊尔库茨克州境内，介于北纬51°29′~55°46′，东经103°41′~109°57′之间。
二、湖泊大小不同
贝尔湖：长40公里，宽20公里，面积608.78平方公里，蓄水量约55亿立方米。
贝加尔湖：长636千米，平均宽48千米，面积为3.15万平方千米，湖总容积23.6万亿立方米（2015年）。
所处的国家不同
贝尔湖是中国的，而贝加尔湖位于东西伯利亚南部，在布里亚特共和国和伊尔库茨克州境内，湖总容积23.6万亿立方米，最深处达1637米，是世界第一深湖，也是亚欧大陆最大的淡水湖
