永琪和令妃的最后结局分别如下:
永琪选择放弃了自己的太子之位，和欣荣生下了一个孩子绵亿，给自己的母亲愉妃留下了最后的希望，随后毫不犹豫的选择回到大理寻找小燕子。两个人双宿双飞，成了一对神仙眷侣。
令妃留在皇宫，独受恩宠，被封为令皇贵妃，在自己的七格格去世后不久去世，她的儿子十五阿哥成为了乾隆的继承人，她在去世之后被追封为皇后。
两个人的结局还是都比较幸福的。
永琪在第二部大结局的时候和小燕子一行人回到了皇宫，并且后面得到了老佛爷的同意迎娶了小燕子为正妻，但是在第三部的时候，永琪带着小燕子定居在云南。
令妃在第二部已经生了十五阿哥。在第三部的时候也一直留在宫中。
