1.阿笠博士 2.灰原哀（宫野志保）（TV 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 两小时特别篇） 3.服部平次（TV版本57~58福尔摩斯迷杀人事件） 4.工藤优作（其父） 5.工藤有希子（其母） 6.贝尔摩德（即Vermouth/苦艾酒，与新一的母亲是朋友，见过新一小时候的照片） 7.怪盗基德（黑羽快斗）（剧场版世纪末的魔术师中化妆成白鸟警官偷听柯南的电话） 8.本堂瑛佑 （柯南亲口承认） 9.宫野明美（Miyano Akemi），即灰原哀（宫野志保）的姐姐 （亲口承认，TV128黑暗组织10亿元抢劫事件，已死） 10.鲁邦三世（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版 11.不二峰子（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版 12.次元大介（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版 13.石川五右卫门（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版 14.Irish （真实身份未知，已死亡，见剧场版13 漆黑的追踪者，根据指纹对照证实） 15.泽田弘树（诺亚方舟，见剧场版6贝克街的亡灵，已死） 16.赤井秀一（红与黑的碰撞系列版） 注：关于知道他真实身份的角色中，泽田弘树和伊东未彦是有争议的。泽田弘树死后的思想存储在了计算机里，因此有人说是计算机的分析得出了柯南就是工藤新一的结论；有人认为伊东未彦知道他的真实身份，在此解释一下，指纹对照确实知道了他是工藤新一，但不知道柯南＝工藤新一。 另注：在532话出场的庄堂胡桃在533话《呼唤过去的伤痕》中对柯南说的一句话,(即是： 庄堂胡桃：原以为是还没变声的矮个子高中生，没想到是这么小的孩子，就好像夏洛克福尔摩斯装成小孩子的样子呢！ 柯南：是，是吗？ 庄堂胡桃： 我看得见普通人看不见的东西哦。)证明她也有可能知道柯南的身份（不过她知道柯南身份的途径暂时未知）。 高木涉 (304.震动的警视厅~1200万人质（特别篇13）中，高木刑警与柯南被困在装有炸弹的电梯里时，两人有一段对白： 高木涉：啊，哪里。柯南君。能不能告诉我另一件事？你，到底是何方神圣？ 柯南：啊，你想知道的话，就告诉你好了。等到那个世界的时候 而后来柯南把炸弹拆了，所以自然不复存在什么高木涉知道柯南是新一，只是怀疑柯南是何方神圣而已~~。
