1、食性不同：芥子锦鲤的食量较大，而且食性杂，喂什么食物都会吃。黄金锦鲤的食量不大，虽然也是杂食性的鱼类，但是没有芥子锦鲤能吃。
2、颜色不同：虽然黄金锦鲤和芥子锦鲤都是黄色，但是芥子锦鲤是黄色中带点绿色，颜色相对茶鲤来说有点暗淡。黄金锦鲤的颜色是鲜黄色，比芥子锦鲤的颜色亮眼，但是锦鲤的肚皮是白色的，芥子锦鲤整体都是一个颜色的。另外芥子锦鲤的尾巴是带一点红色的，黄金锦鲤则没有。
、颜色不同
芥子锦鲤又叫黄金锦鲤，它的颜色为金黄色，表面有金属光泽，表皮鱼鳞比较整齐，而普通鲤鱼体表暗褐色和红色相搭配，一般作食用。
2、营养价值不同
芥子锦鲤之所以有吉祥的寓意，是因为里面含有大量的氨基酸、维生素和矿物质，食用后，可以延年益寿，美容养颜，对肝胃炎有治疗作用，保健意义重大，而普通鲤鱼主要含多种氨基酸，可以健脾和胃、清热解毒，味道也是比较鲜美的。
3、生长环境不同
芥子锦鲤对水质要求较高，常在淡水中生活，要求水质透明，里面有藻类，喜欢进食蛋白质饲料或者蚯蚓类软体动物，而普通鲤鱼生活的水质比较浑浊，多以贝肉、蚌肉或者小虾为食，进食速度快，育肥能力强。
