首先这里指的动物一般都是指雌雄异体的动物，故动物的自交是一般指基因型相同的个体之间的交配，而且基因型又不能看出来，只能根据性状去选择动物，若性状为显性，即使选出也不能确定是纯合子还是杂合子。
还有动物的繁殖力较植物低，一般一胎可能就几只甚至一只，不能通过子代比例进行判断。
在实践中，测交往往用来鉴定某一显性个体的基因型和它形成的配子类型及其比例。在子代个体数量足够多的前提下，若所有子代均为显性个体，则F1是纯合子，若子代显性个体和隐性个体的数量接近1:1，则F1是杂合子。
与测交相比，自交不需人工去雄、套袋、人工授粉等操作，如果被鉴定者是纯合子，鉴定结束后，子代仍然是纯合子，而不象测交那样子代成为了杂合子，因此自交与测交相比更为简便易行。
但是杂合体通过自交必然导致等位基因的纯合而使隐性有害性状表现出来，因而自交往往会产生生活力降低、体重减轻、繁殖力低、抵抗力弱和畸形等不良后代。
大多数雌雄同花的植物，往往靠风媒、虫媒等进行异花传粉，或者雌雄蕊成熟期不同，以保证异花传粉。自交或近亲繁殖的后代，虽然会出现产量和品质下降等问题，但自花授粉作物由于在长期进化过程中已适应了自花授粉，所以一般来说不产生明显的自交衰退现象。
