荷花盆里长绿藻之后，可以通过物理清除法进行消灭，先将植株从花盆中取出，然后用刷子将盆壁上的绿藻刷洗干净，并为其更换新鲜干净的水质，这种方法的缺点就是清除不全面。
对于荷花盆中不容易清除的绿藻，可以将除藻剂兑水稀释后倒入花盆中，这种药剂对任何藻类都有较强的效果，缺点就是对荷花盆中的生态平衡有一定程度的冲击。
荷花盆中的绿藻还可以通过生物控制法进行清除，即养殖除藻动物，例如白玉飞狐、琵琶鼠、笠螺、黑壳虾、大和藻虾等，利用它们来控制绿藻的数量。
、施草木灰：将草木灰均匀的洒在绿藻上，等待一周左右便会消失。
2、施加树叶汁：将马尾松汁或枫叶汁泼洒在缸内。
3、饲养动物：在荷花缸中养殖清道夫、藻虾等以绿藻为食的动物。
4、改善环境：对荷花缸进行遮阴，每隔3-4天换一次水。
