初建时设四旗：黄旗、白旗、红旗、蓝旗。
1614年因“归服益广”将四旗改为正黄、正白、正红、正蓝，并增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称八旗。正黄，镶黄和正白旗列 为上三旗，上三旗内无王，都归皇帝所亲统。剩下的属下五旗，由诸王，贝勒和贝子分统。起初没有什么分别。而后镶黄旗，正黄旗，正白旗被称为上三旗。其余五个为下五旗。上三旗由天子领，而下五旗则有王爷，贝勒，国公操办旗务，本质上下五旗没有区别。而上三旗则为天子近军，所有旗务都由皇帝掌管，皇帝也可让皇子分担旗务。总的来说，上三旗容易晋升，而下五旗又多了自由，各有各的好。
